Deep State, MI6’ten emekli olup geçmişini geride bıraktığını düşünen bir adamın, son bir görev için yeniden tehlikeli dünyasına çekilmesini konu alır. Eski hayatına kısa süreliğine döneceğini sanan karakter, görevin ardında çok daha büyük sırlar ve karanlık güçler olduğunu fark eder. Her adımda güvenebileceği insan sayısı azalırken, bu son görev yalnızca geçmişini değil, geri dönmeyi umduğu hayatı da yok etme tehlikesi taşır.